《东方苍神缘起》有三个版本:分别是无印、残暑和周末,对应的版本号分别是1.0x、2.0x和3.0x,每一种版本的最新更新包分别是1.07、2.10和3.01。无印版本是博丽巫女一行人解决完第一次异变;残暑版本在原有异变解决完后增加了一次新的异变,即残暑是作为一个包含第一次异变和第二次异变的游戏发布。在讨论中为了区分两次异变,通常把第一次异变叫做无印,把第二次异变叫做残暑,这跟游戏版本是两个概念。简单地说,残暑版本包括两次异变的剧情。无论无印版本还是残暑版本,都离不开“人参缘起”的称号,物品掉率低、合成需要素材多、技能学习概率低。为了大大减少刷的时间,开发者在残暑开发完的一年后心血来潮,出了一个周末版本,剧情跟残暑版本一致,但物品掉率提高、合成需要素材减少、技能学习概率提高了,团灭不会剥夺道具,新增了截屏功能,是残暑的更科学版本。